1988年8月,经南通市人民政府批准,南通市郊区审计局成立。1991年区划调整,南通市郊区审计局更名为南通市港闸区审计局。至2012年底,核定行政编制6人、事业编制6人。全局实有11人,其中行政人员4人、事业人员6人、工人1人。设内部机构3个,分别为综合科、经济责任审计科和固定资产投资审核中心。