卫生局下设：办公室、法制科、预监科、社妇科、医政科、爱卫科、人事科、财审科、监察室、红十字会。卫生局下属事业单位有：如皋市人民医院、如皋市中医院、如皋市第二人民医院、如皋市第三人民医院、如皋市第四人民医院、如皋市疾病预防控制中心、如皋市妇幼保健所、如皋市合管办、如皋市血站、如皋市卫生监督所等10个事业单位。